IMFのエージェント、イーサン・ハントは謎の多国籍スパイ組織<シンジケート>を秘密裏に追跡していたが、催涙ガスによって敵の手に落ちてしまう。目覚めると後ろ手に拘束されており、目の前には謎の女と、3年前に死亡したはずのエージェントがいた。まさに拷問が始まろうとしたその時、女は驚くべき格闘術でイーサンを脱出させる。ブラントからIMF解体を知らされたイーサンは<シンジケート>の殲滅を誓うのだが、彼は国際手配の身となっていた…。組織の後ろ盾を失ったイーサンと仲間たちは<シンジケート>とどう闘うのか?敵か味方か、謎の女の正体とは?そして究極の諜報バトル、その結末は―??